Zmiany w raportowaniu JPK VAT nadchodzą – o co zadbać?

Od 2026 roku przedsiębiorców czeka kolejna znacząca zmiana w cyfryzacji podatków. Podatnicy rozliczający PIT będą musieli prowadzić swoje księgi wyłącznie w formie elektronicznej, a dane obejmujące całość zapisów księgowych będą przekazywane do urzędów skarbowych w formie plików JPK. To krok w stronę pełnej automatyzacji kontroli podatkowej, który jednocześnie nakłada na firmy nowy obowiązek organizacyjny i technologiczny. Zrozumienie zakresu zmian oraz odpowiednie przygotowanie procesów księgowych to warunek bezpiecznego wejścia w rok 2026 i późniejsze rozliczenia.  

Zmiany w raportowaniu JPK VAT 

Obowiązek dotyczy wszystkich podatników PIT prowadzących działalność gospodarczą. W praktyce chodzi o przedsiębiorców, którzy co miesiąc przesyłają ewidencję JPK_V7M oraz rozliczają się za pomocą ksiąg prowadzonych do tej pory często w formie papierowej lub w niestrukturyzowanych plikach. Od nowego roku podatnicy objęci zmianą będą musieli przejść na prowadzenie ksiąg wyłącznie przy użyciu programów komputerowych, a dane księgowe będą przesyłane do urzędu w formacie JPK. Oznacza to, że każda działalność prowadzona na PKPiR, księgach rachunkowych czy ryczałcie musi zapewnić pełną cyfryzację swoich zapisów. Zmiana dotyczy zatem zarówno małych jednoosobowych firm, jak i przedsiębiorców osiągających przychody ryczałtowe. 

Zgodnie natomiast z projektem rozporządzenia przedstawionym w dniu 14 października 2025 r. w Rządowym Centrum Legislacji, zmiany mają charakter dużo bardziej rozległy niż deklaruje Ministerstwo Finansów. Wbrew zapowiedziom nie ograniczą się jedynie do „dostosowania JPK do KSeF”, lecz wymuszą przebudowę procesów fakturowania, obiegu dokumentów oraz ewidencjonowania VAT. Co istotne, obowiązki te będą dotyczyć nawet najmniejszych firm, także tych, które do KSeF dołączą dopiero w 2027 r., natomiast raportowanie w nowej strukturze JPK VAT będą musiały dostosować już od 1 lutego 2026 r. Oznacza to, że przedsiębiorcy dostali zaledwie trzy miesiące na przygotowanie systemów, procedur i personelu do nowych wymagań. 

JPK a KSeF 

Najważniejszym elementem zmian w JPK VAT jest wprowadzenie obowiązku wykazywania numeru KSeF przy każdej fakturze ujętej w ewidencji sprzedażowej i zakupowej. Jeżeli dokument nie ma jeszcze nadanego numeru w systemie, przedsiębiorca będzie musiał zastosować jedno z trzech nowych oznaczeń. OFF będzie dotyczył faktur wystawianych w trybie awarii KSeF, które w chwili raportowania nie uzyskały identyfikatora systemowego. Oznaczenie BFK obejmie faktury elektroniczne i papierowe wystawione poza KSeF, natomiast DI będzie właściwe dla dokumentów innych niż faktury, w tym dla faktur wystawionych w trybie offline24, gdy numeru KSeF jeszcze nie przydzielono. W praktyce oznacza to konieczność bieżącego monitorowania statusu dokumentów, aby prawidłowo przypisać oznaczenia. Po uzyskaniu numeru KSeF podatnik będzie musiał skorygować JPK VAT i zastąpić oznaczenie numerem systemowym. 

Najbardziej kontrowersyjną zmianą jest przeniesienie ciężaru raportowania numeru KSeF również na stronę zakupową. Dotychczas był to obowiązek fakultatywny, a teraz stanie się obligatoryjny. Wszystkie firmy – niezależnie od tego, czy od 2026 r. mają już wystawiać faktury w KSeF, będą musiały dostosować swoje systemy księgowe tak, aby importować i wykazywać numer KSeF dla faktur zakupu. Eksperci podkreślają, że jest to zmiana, która nie została właściwie zgrana z pozostałymi przepisami. Obowiązek podawania numeru KSeF w przelewach został bowiem odroczony do 2027 r., natomiast raportowanie w JPK VAT ma obowiązywać już od 1 lutego 2026 r. W praktyce mikroprzedsiębiorca, który dopiero od 2027 r. będzie wystawiał faktury w KSeF, będzie musiał już od lutego 2026 r. ewidencjonować numer KSeF faktur zakupowych. To oznacza zarówno koszty dostosowania systemów, jak i konieczność reorganizacji procesów zakupowych. 

Przedsiębiorcy i biura rachunkowe powinni zatem już teraz rozpocząć proces dostosowania systemów finansowo-księgowych oraz procedur wewnętrznych do nowych wymogów. Kluczowe stanie się przeanalizowanie procesów fakturowania, obiegu dokumentów, pobierania faktur z KSeF oraz ich weryfikacji. Niezbędne będzie również przeprowadzenie szkoleń dla pracowników, a także wdrożenie narzędzi automatyzujących pobieranie numerów KSeF i kontrolę poprawności oznaczeń. W przypadku większych organizacji konieczne będzie zaangażowanie działów IT, także tych zagranicznych, co dodatkowo skraca i komplikuje możliwość wdrożenia zmian w tak krótkim terminie. 

Z uwagi na to, zmiany w JPK VAT to jeden z najbardziej wymagających etapów wdrażania KSeF, a ich skala daleko wykracza poza techniczne dostosowanie struktury plików. Nowe obowiązki, konieczność korygowania ewidencji, sankcje za błędy oraz brak spójności z innymi regulacjami sprawiają, że przedsiębiorcy muszą traktować przyszłoroczne zmiany jako pełnowymiarowy projekt organizacyjno-techniczny. Przygotowanie dokumentacji, procedur i narzędzi już teraz jest jedynym sposobem, aby zminimalizować ryzyko błędów i sankcji oraz zapewnić ciągłość działania firmy w czasie nadchodzącej rewolucji w raportowaniu VAT. 

Bądź na bieżąco z najważniejszymi zmianami podatkowymi, dołącz do Instytutu https://ikidp.pl/rejestracja 

Autor

Redaktor prowadzący

Redaktor naczelny