Jak KSeF wpłynie na kontrole podatkowe w firmach?

opublikowano
15 maja 2025

Wprowadzenie Krajowego Systemu e-Faktur (KSeF) stanowi jedno z największych wyzwań technologicznych i organizacyjnych dla polskich przedsiębiorców w ostatnich latach. Obowiązkowe stosowanie tego systemu, które wejdzie w życie w 2026 roku, zmienia nie tylko sposób dokumentowania transakcji, ale także sposób, w jaki organy podatkowe będą przeprowadzać kontrole. 

Zgodnie z zasadą , już niedługo duża liczba podatników będzie miała obowiązek korzystać z KSeF i przesyłać ustrukturyzowane faktury do systemu zgodnie z obowiązującymi przepisami. Wprowadzenie w życie tego systemu może być także powiązane z różnego rodzaju kontrolami podatkowymi przeprowadzanymi przez odpowiednie organy w Polsce. KSeF ma służyć w dużym stopniu organom podatkowym w celu kontrolowania nas, podatników, wobec czego ten temat jest niezwykle istotny. Digitalizacja obiegu faktur oznacza, że kontrole podatkowe staną się bardziej precyzyjne, szybsze i oparte na danych dostępnych w czasie rzeczywistym. 

Zmiana podejścia organów podatkowych do podatników 

Wprowadzone zmiany wynikają z podejścia organów podatkowych głównie do podatników prowadzących działalność gospodarczą. Wystarczy spojrzeć w tym zakresie na analizę statystyk Ministerstwa Finansów z ostatnich lat. Widoczne jest to, że zwłaszcza w zakresie VAT Ministerstwo wprowadza coraz to nowe rozwiązania co do podatków. Jeżeli chodzi o statystyki VAT, to wprowadzone w ostatnich latach przez Ministra Finansów rozwiązania prawne i informatyczne w zakresie rozliczeń podatkowych usprawniają ich dokonywanie przez podatników oraz ułatwiają prowadzenie procesów weryfikacji tych rozliczeń przez organy podatkowe. 

Obecny jest postęp technologiczny w rozliczaniu podatków oraz wprowadzenie narzędzi analitycznych i zabezpieczających przed nadużyciami w VAT, w tym takich jak JPK_VAT, STIR, SENT, MPP (mechanizm podzielonej płatności), system kas on-line (tzw. white lista), umożliwiających Szefowi KAS sprawną weryfikację omawianych rozliczeń . Postęp ten przyczynił się do zmniejszenia liczby sytuacji w których pojawiały się nadużycia co do zwrotu podatku od towarów i usług. 

KseF a kontrole podatkowe (e-kontrole) 

Podobnie system KSeF pozwoli z łatwością dużo szybciej przeanalizować dane dotyczące podatnika, które mogą być przedmiotem kontroli podatkowej albo kontroli celno-skarbowej. Takie kontrole zawsze wiążą się z pewnym poziomem strachu, stresu. Zwykle organ zawiadamia nas o tym, że kontrola będzie miała miejsce, musimy wtedy przygotować dokumenty i rozpoczyna się proces, który trwa dłuższy lub krótszy czas i może się różnie zakończyć. Natomiast, sam KSeF łącznie z tymi narzędziami, które już funkcjonują w przypadku VAT, powinien to przyspieszyć. Powinien on usprawnić kontrole poprzez fakt, że podatnicy będą bardziej ,,na widelcu” Krajowej Administracji Skarbowej. W zasadzie organ będzie widział dane dotyczące podatnika i bez wychodzenia z siedziby może zweryfikować tego podatnika i wytypować do kontroli. 

KSeF, bowiem ułatwia organom podatkowym dostęp do wielu informacji – widoczne tam będą różnego rodzaju dokumenty oraz faktury. System ten ma na celu także typowanie podatników do kontroli. Będzie to robił algorytm stworzony przez Ministerstwo Finansów, który będzie weryfikował dane w zakresie danego podatnika i z łatwością wyznaczał  -go do ewentualnej kontroli. Warto wskazać zatem na czynności związane z tzw. e-kontrolą. Są to czynności nie do końca uregulowane prawnie w omawianym aspekcie, co nie jest dobre, natomiast dziać  się będą one w praktyce. 

Wobec tego, KSeF umożliwi administracji skarbowej niemal natychmiastowy dostęp do treści faktur wystawianych przez podatników. Oznacza to, że organy podatkowe będą miały bieżący wgląd w dokumentację sprzedaży i zakupów przedsiębiorców, co znacząco skróci czas potrzebny na przygotowanie się do kontroli. W praktyce może to oznaczać odejście od klasycznych kontroli terenowych na rzecz tzw. e-kontroli, prowadzonych zdalnie, w oparciu o dane pobrane bezpośrednio z KSeF. 

E-kontrola i narzędzia przy kontroli KSeF 

E-kontrola jest, bowiem działaniem organów skarbowych mającym na celu wykorzystanie w toku czynności sprawdzających, kontroli podatkowej lub kontroli celno-skarbowej narzędzi informatycznych w celu badania danych finansowych podatnika pochodzących z systemu finansowo-księgowego podatnika. Różnica pomiędzy e-kontrolą a kontrolą prowadzoną w sposób tradycyjny przez organy podatkowe polega na sposobie jej prowadzenia. Pojęcie to nie jest jednak uregulowane na gruncie Ordynacji podatkowej czy też innych aktów prawnych. W kontekście KSeF organ wykorzysta swoje dane i wytypuje podatnika do którejś ze wskazanych procedur. Jeżeli u podatnika pojawią się jakieś ,,cięższe” problemy, to wtedy organ zapewne przystąpi do tradycyjnej kontroli. W innym wypadku organ pozyska dane dotyczące tego, co się dzieje w czasie rzeczywistym w danym podmiocie. 

E-kontrola to pojęcie, które wiąże się także z nowoczesną technologią i metodologią zdecydowanie różniąca się od standardowej kontroli przeprowadzonej przez organy podatkowe. W przypadku e-kontroli organy bazują na analizie danych pobieranych od podatnika w formie elektronicznej, czyli zupełnie odmiennie aniżeli w przypadku standardowej kontroli, która opiera się na badaniu dokumentów, najczęściej dostarczanych przez podatnika w formie papierowej. 

Dostęp do wskazanych informacji będą posiadać jednak nie wszyscy pracownicy organu podatkowego, ale tylko ci, którzy będą się zajmowali wskazanymi czynnościami (czynności sprawdzające, kontrola podatkowa, kontrola celno-skarbowa, postępowanie podatkowe). Będą mieć oni dostęp po zalogowaniu do odpowiedniego programu i będą działali poprzez ustalone algorytmy. Dostępu nie powinny mieć do tych informacji natomiast osoby, które pracują np. w działach sali obsługi podatników. Nie jest jeszcze jednak znana częstotliwość tych kontroli. 

Wyszukiwania takich podmiotów do e-kontroli mogą opierać się o konkretne kryteria – np. branżewysokiego ryzyka. Mogą to być m.in. branże takie przedsiębiorstwa budowlane czy też inne, np. gdzie brakuje niekiedy płynności finansowej. Konieczne jest w tym zakresie zapewnienie odpowiednich narzędzi, tak aby dostępu do tych danych nie miały niepowołane osoby i nie doszło do wycieku danych (jak miało to miejsce w ostatnim czasie np. we Włoszech). 

Organy podatkowe przy kontrolach dotyczących KSeF korzystają przede wszystkim z zaawansowanych narzędzi analitycznych i dostępu do danych gromadzonych w systemie. KSeF umożliwia natychmiastowy wgląd w faktury ustrukturyzowane w formacie XML, co pozwala fiskusowi na szybką weryfikację zgodności danych, wykrywanie nieprawidłowości oraz identyfikację podejrzanych transakcji. Kluczowe narzędzia to algorytmy i oprogramowanie analizujące big data, które wspierają typowanie podatników do kontroli oraz skracają czas wykrywania oszustw podatkowych z miesięcy do tygodni. Dzięki temu KSeF nie tylko porządkuje proces fakturowania, ale staje się podstawowym źródłem informacji wykorzystywanych do prowadzenia kontroli podatkowych. 

Z perspektywy podatnika zmienia się również dynamika ryzyka podatkowego. Dotychczas wiele nieprawidłowości mogło pozostać niezauważonych przez dłuższy czas lub wychodziło na jaw dopiero w trakcie szczegółowej kontroli. W nowej rzeczywistości systemowej błędy w fakturowaniu mogą zostać zauważone przez system automatycznie i zasygnalizowane organom podatkowym natychmiast po ich wystąpieniu. To z kolei może skutkować szybszym wszczynaniem kontroli lub czynności wyjaśniających. 

Tego typu e-kontrole posiadają różnego rodzaju zalety oraz wady, natomiast dla wielu przedsiębiorców mogą być mniej korzystane aniżeli zwykłe, tradycyjne kontrole. Problematyczne okazuje się także to, że kwestie związane z takim rodzajem kontroli nie zostały jeszcze wprost szczegółowo uregulowane w żadnym akcie prawnym. W przypadku tradycyjnej kontroli mamy przepisy prawne, które dają nam określone prawa, a organom odpowiednie obowiązki, czego brakuje w przypadku tzw. e-kontroli. 

Dołącz do Programu KSeF PRO i wdrażaj z nami KSeF w swojej firmie https://platforma.ikidp.pl/courses/program-ksef-pro/  

Autor

Monika Wolska-Bryńska
Monika Wolska-Bryńska

Radca prawny, specjalizacja – procedura podatkowa, w tym postępowania podatkowe i sądowo-administracyjne

Menedżer w Zespole Postępowań w Mariański Group Kancelaria Prawno-Podatkowa Sp.k., odpowiada za prowadzenie spraw klientów w ramach postępowań podatkowych oraz wtórnych do nich – postępowań zabezpieczających i egzekucyjnych, reprezentuje klientów w sporach przed organami podatkowymi oraz przed sądami administracyjnymi oraz występuje w postępowaniach karno-skarbowych. MarianskiGroup

Redaktor prowadzący

Adrian Szydlik
Adrian Szydlik

Radca prawny, entuzjasta rozwiązań edukacyjnych w prawie i podatkach

Właściciel Kancelarii AS Legal&Tax, platformy z kursami online dla studentów prawa ,,Prawo dla Ciebie” oraz współwłaściciel centrum szkoleń ,,S&G Akademia”. Z Instytutem Księgowości i Doradztwa Podatkowego współpracuje od 2023 roku, odpowiada za dobór tematyczny publikowanych treści, aktywnie wspiera proces ich powstawania i publikowania. LinkedIn

Redaktor naczelny

prof. Adam Mariański
prof. Adam Mariański

Przewodniczący Rady Programowej Instytutu Księgowości i Doradztwa Podatkowego

Lider i założyciel Mariański Group oraz Instytutu Księgowości i Doradztwa Podatkowego. Doświadczony doradca polskich firm rodzinnych, w tym także w procesie sukcesji biznesu, współtwórca ostatecznej wersji ustawy o fundacjach rodzinnych. Najlepszy w Polsce doradca podatkowy w dziedzinie podatku dochodowego według 13. ,14. oraz 17. edycji rankingu „Rzeczpospolitej”. Specjalizuje się w sukcesji podatkowej, fundacji rodzinnej, podatkach dochodowych, kontrolach i postępowaniu podatkowym oraz w ochronie praw jednostki w prawie podatkowym i planowaniu podatkowym. LinkedIn

Powiązane artykuły