Zastrzeżenia do protokołu kontroli podatkowej – o czym pamiętać?

opublikowano
9 października 2025

Kontrola podatkowa jest jednym z podstawowych narzędzi administracji skarbowej do weryfikowania prawidłowości rozliczeń podatnika. Jej efektem jest sporządzenie protokołu kontroli – dokumentu, który zawiera ustalenia organu podatkowego dotyczące badanych okresów i zdarzeń gospodarczych. Protokół nie jest jeszcze decyzją ani postanowieniem, ale stanowi podstawę do ewentualnych dalszych działań organu, w tym wszczęcia postępowania podatkowego. Dlatego dla podatnika ma on ogromne znaczenie i to właśnie na etapie zapoznania się z protokołem można podjąć pierwsze kroki, aby bronić swoich racji. Najważniejszym z nich jest możliwość zgłoszenia zastrzeżeń do ustaleń zawartych w protokole. O czym trzeba pamiętać w tym zakresie? 

Zastrzeżenia do protokołu kontroli 

Protokół kontroli podatkowej jest dokumentem kończącym czynności kontrolne prowadzone przez organ skarbowy. Zawiera on szczegółowe ustalenia kontrolujących, które dotyczą m.in. prawidłowości rozliczeń podatkowych, sposobu prowadzenia ksiąg czy też zgodności działań podatnika z obowiązującymi przepisami prawa. Jego treść ma istotne znaczenie, ponieważ może stać się podstawą wszczęcia postępowania podatkowego i wydania dalszych decyzji. Dlatego ustawodawca przewidział możliwość zakwestionowania jego ustaleń poprzez złożenie zastrzeżeń lub wyjaśnień. 

Zgodnie z art. 291 § 1 Ordynacji podatkowej, podatnik ma prawo wnieść zastrzeżenia do ustaleń zawartych w protokole w terminie 14 dni od dnia doręczenia tego dokumentu. Termin ten ma charakter materialnoprawny, co oznacza, że jego przekroczenie skutkuje bezpowrotną utratą prawa do zakwestionowania ustaleń kontroli na tym etapie. Jeżeli podatnik nie złoży w terminie ani zastrzeżeń, ani wyjaśnień, zgodnie z § 3 przyjmuje się, że nie kwestionuje on treści protokołu, co w praktyce ułatwia organowi podatkowemu dalsze działania. Dlatego bardzo istotne jest, aby przedsiębiorca lub osoba fizyczna prowadząca działalność gospodarczą nie zwlekała z analizą dokumentu i jak najszybciej podjęła decyzję o ewentualnym wniesieniu uwag. 

Zastrzeżenia do protokołu nie mogą być przy tym wyłącznie ogólnym stwierdzeniem braku zgody na ustalenia kontroli. Ustawodawca wymaga, aby podatnik wskazał stosowne wnioski dowodowe, które mają znaczenie dla sprawy. W praktyce oznacza to, że w treści zastrzeżeń należy precyzyjnie odnieść się do ustaleń zawartych w protokole, wskazać błędy faktyczne lub prawne oraz poprzeć swoje stanowisko odpowiednimi dokumentami, wyliczeniami, zeznaniami świadków lub innymi dowodami. Warto zwrócić uwagę, że złożenie zastrzeżeń daje możliwość uzupełnienia materiału dowodowego – jeżeli na etapie samej kontroli podatnik nie zdążył lub nie miał okazji przedstawić wszystkich dokumentów, właśnie teraz jest najlepszy moment, aby to zrobić. 

Obowiązki organu podatkowego wobec zastrzeżeń 

Zgodnie z art. 291 § 2 o.p., organ podatkowy ma obowiązek rozpatrzenia złożonych zastrzeżeń i w terminie 14 dni od ich otrzymania powinien zawiadomić kontrolowanego o sposobie ich załatwienia. Ważne jest, że organ nie może ograniczyć się do lakonicznego stwierdzenia nieuwzględnienia zarzutów. Przepisy nakazują, aby kontrolujący wskazał, które zastrzeżenia nie zostały uwzględnione, a także przedstawił uzasadnienie faktyczne i prawne. Dzięki temu podatnik ma możliwość poznania argumentacji organu i przygotowania się na dalsze etapy ewentualnego postępowania podatkowego. 

Niezłożenie zastrzeżeń w terminie 14 dni ma doniosłe konsekwencje prawne. W myśl art. 291 § 3 o.p. oznacza to, że kontrolowany akceptuje ustalenia protokołu. Nie oznacza to jeszcze automatycznie wymierzenia podatku czy wszczęcia postępowania, ale w praktyce utrudnia późniejszą obronę swoich racji. Brak reakcji na protokół daje organowi podatkowemu silniejszą pozycję w dalszym postępowaniu, gdyż może on powoływać się na fakt, że podatnik nie kwestionował wcześniejszych ustaleń. 

Warto także podkreślić, że zgodnie z art. 291 § 4 o.p., kontrola podatkowa zostaje zakończona w dniu doręczenia protokołu. Od tego momentu kontrolujący nie prowadzą już czynności sprawdzających u podatnika, a dalsze działania mogą być podejmowane wyłącznie w ramach odrębnego postępowania podatkowego. 

Możliwość wniesienia zastrzeżeń do protokołu kontroli jest zatem jednym z kluczowych instrumentów ochrony praw podatnika w toku postępowania kontrolnego. To ostatni moment, aby uzupełnić materiał dowodowy, przedstawić własną wersję zdarzeń gospodarczych i wykazać błędy organu podatkowego. Należy zatem poważnie potraktować ten etap i przygotować rzeczowe, merytoryczne oraz udokumentowane stanowisko. W wielu przypadkach właściwie sformułowane zastrzeżenia pozwalają na zmianę oceny organu jeszcze przed wszczęciem postępowania podatkowego, a tym samym uniknięcie długotrwałego i kosztownego sporu. Dlatego każdy, kto podlega kontroli podatkowej, powinien pamiętać o znaczeniu tego dokumentu i aktywnie korzystać z prawa do obrony, jakie przewiduje ustawodawca. 

Skorzystaj z kompleksowego wsparcia w tworzeniu pism podatkowych na każdym etapie kontaktów z urzędem – https://platforma.ikidp.pl/courses/wzory-pism-podatkowych-czynnosci-sprawdzajace-kontrole-postepowania-podatkowe-i-sadowo-administracyjne-zabezpieczenia-i-egzekucje/  

Autor

Agata Kotwica-Stefańska
Agata Kotwica-Stefańska

Adwokat, specjalizacja – postępowanie cywilne, administracyjne i karne

Zajmuje się bieżącą obsługą przedsiębiorców, sporządza opinie prawne oraz reprezentuje klientów w trakcie postępowań przed sądami powszechnymi i sądami administracyjnymi. LinkedIn

Redaktor prowadzący

Adrian Szydlik
Adrian Szydlik

Radca prawny, entuzjasta rozwiązań edukacyjnych w prawie i podatkach

Właściciel Kancelarii AS Legal&Tax, platformy z kursami online dla studentów prawa ,,Prawo dla Ciebie” oraz współwłaściciel centrum szkoleń ,,S&G Akademia”. Z Instytutem Księgowości i Doradztwa Podatkowego współpracuje od 2023 roku, odpowiada za dobór tematyczny publikowanych treści, aktywnie wspiera proces ich powstawania i publikowania. LinkedIn

Redaktor naczelny

prof. Adam Mariański
prof. Adam Mariański

Przewodniczący Rady Programowej Instytutu Księgowości i Doradztwa Podatkowego

Lider i założyciel Mariański Group oraz Instytutu Księgowości i Doradztwa Podatkowego. Doświadczony doradca polskich firm rodzinnych, w tym także w procesie sukcesji biznesu, współtwórca ostatecznej wersji ustawy o fundacjach rodzinnych. Najlepszy w Polsce doradca podatkowy w dziedzinie podatku dochodowego według 13. ,14. oraz 17. edycji rankingu „Rzeczpospolitej”. Specjalizuje się w sukcesji podatkowej, fundacji rodzinnej, podatkach dochodowych, kontrolach i postępowaniu podatkowym oraz w ochronie praw jednostki w prawie podatkowym i planowaniu podatkowym. LinkedIn

Powiązane artykuły