Wprowadzenie obowiązkowego Krajowego Systemu e-Faktur (KSeF) to jedna z największych zmian w polskim systemie podatkowym ostatnich lat. Choć w debacie publicznej najczęściej mówi się o aspektach technicznych i organizacyjnych, w praktyce dla przedsiębiorców równie istotne są konsekwencje w obszarze kontroli podatkowych. KSeF nie jest jedynie nowym sposobem wystawiania faktur – to narzędzie, które zasadniczo zmienia relację pomiędzy podatnikiem a administracją skarbową, w szczególności w zakresie dostępu do danych i sposobu weryfikacji rozliczeń.
Przebieg kontroli podatkowej w erze KSeF – co musi wiedzieć przedsiębiorca
Rozpoczęcie kontroli podatkowej następuje po doręczeniu przedsiębiorcy stosownego upoważnienia i okazaniu legitymacji służbowej przez urzędnika. To formalny moment, od którego urzędnicy zyskują prawo do wglądu w dokumenty firmy i zadawania pytań dotyczących prowadzonej działalności. Zakończenie kontroli odbywa się poprzez doręczenie protokołu kontroli, w którym przedstawione są ustalenia urzędu. Przedsiębiorca ma wówczas określone możliwości reakcji – może zgodzić się z ustaleniami i dokonać korekty deklaracji, albo zgłosić w ciągu 14 dni swoje zastrzeżenia, przedstawiając dodatkowe dowody oraz wyjaśnienia. Urząd skarbowy ma obowiązek rozpatrzyć zgłoszone uwagi również w terminie 14 dni, co pozwala przedsiębiorcy na aktywne uczestnictwo w procesie wyjaśniania ewentualnych nieprawidłowości.
Wprowadzenie obowiązkowego KSeF diametralnie zmienia sposób prowadzenia kontroli podatkowych. Krajowy System e-Faktur umożliwia wystawianie i odbieranie faktur w jednolitym formacie elektronicznym (faktura ustrukturyzowana), które automatycznie trafiają do centralnej bazy Ministerstwa Finansów. Dzięki temu urzędy skarbowe mają niemal natychmiastowy dostęp do danych przedsiębiorcy bez konieczności żądania kopii dokumentów czy ich fizycznego przeglądania w siedzibie firmy. Kontrole stają się bardziej zautomatyzowane, szybsze i mniej uciążliwe pod względem administracyjnym.
Dostęp do danych w czasie rzeczywistym skraca czas kontroli – urzędnicy nie muszą czekać na przesłanie dokumentów ani wzywać przedsiębiorcy do ich udostępnienia na miejscu. Wiele czynności kontrolnych zostaje przeprowadzonych automatycznie, a ewentualne wątpliwości można wyjaśnić szybciej i zdalnie. Liczba wymaganych wyjaśnień i dokumentów ulega zmniejszeniu, ponieważ wszystkie faktury trafiają bezpośrednio do systemu, umożliwiając analizę danych bez konieczności kompletowania kopii dokumentów przez przedsiębiorcę.
Nowy wymiar kontroli podatkowej?
Nowa perspektywa organów podatkowych sprawia, że każda faktura wystawiona w KSeF jest od razu dostępna dla fiskusa. Urzędnicy widzą kto, komu, kiedy i na jaką kwotę wystawił dokument, wraz z pełną treścią pozycji – nie tylko sumy i stawki VAT, ale także opis towaru czy usługi i inne. Takie dane umożliwiają automatyczną analizę i weryfikację kosztów, odliczeń VAT, przychodów, schematów współpracy B2B, a także prawidłowości stosowanych stawek podatkowych. Fiskus może natychmiast wykryć nieprawidłowości, takie jak fikcyjne faktury, zawyżone koszty czy też nieprawidłowe klasyfikacje podatkowe, co skraca czas postępowania i zwiększa precyzję kontroli.
Weryfikacja prawa do kosztów i odliczeń staje się w praktyce prostsza i bardziej dotkliwa dla nieuczciwych przedsiębiorców. Każda faktura zakupowa trafiająca do KSeF jest widoczna dla fiskusa, co pozwala natychmiast wyłapywać wydatki nietypowe lub prywatne. W przypadku kosztów firmowych z pogranicza konieczne jest gotowe uzasadnienie ich związku z działalnością gospodarczą. Dla przedsiębiorców oznacza to większą dyscyplinę w zakresie dokumentowania wydatków, a dla księgowych zwiększoną czujność przy analizie faktur i opisów pozycji.
KSeF ułatwia także „test przedsiębiorcy”, czyli wykrywanie fikcyjnego samozatrudnienia. Analiza faktur w połączeniu z danymi z ZUS pozwala identyfikować osoby świadczące usługi w modelu B2B, które w rzeczywistości działają jak pracownicy etatowi. Algorytmy systemu mogą wychwycić powtarzalne transakcje z jednym kontrahentem, minimalne koszty własne i stałe wynagrodzenie, co w konsekwencji umożliwia szybką reakcję urzędu.
Poza tym, także kontrola prawidłowości stawek podatkowych, zarówno VAT, jak i ryczałtu, staje się znacznie łatwiejsza dzięki dostępowi do pełnej treści faktur. Urząd może automatycznie analizować stawki VAT, porównywać je z opisem towaru lub usługi oraz wychwytywać rozbieżności w klasyfikacji działalności ryczałtowca. Błędne lub celowo zaniżone stawki VAT są szybciej wykrywane, co zmniejsza możliwość nadużyć podatkowych.
Podsumowując, obowiązkowy KSeF nie likwiduje kontroli podatkowych, ale całkowicie zmienia ich charakter. Kontrole stają się szybsze, bardziej precyzyjne i oparte na danych cyfrowych. Przedsiębiorcy zyskują przewidywalność działań fiskusa i większą przejrzystość, a urzędy mogą ograniczyć błędy, nadużycia i czasochłonne czynności administracyjne. System pozwala na prowadzenie zdalnych, zautomatyzowanych analiz, które wyłapują nieprawidłowości w kosztach, przychodach, stawkach podatkowych i relacjach B2B, zmieniając sposób, w jaki przedsiębiorcy podchodzą do prowadzenia dokumentacji i zgodności podatkowej. Trzeba jednak pamiętać, że mimo tego klasyczne kontrole podatkowe nadal będą istnieć, bowiem przecież nie wszystkie dokumenty będą dostępne w KSeF dla organów kontroli.
Skorzystaj z kompleksowego wsparcia w tworzeniu pism podatkowych na każdym etapie kontaktów z urzędem – https://platforma.ikidp.pl/courses/wzory-pism-podatkowych-czynnosci-sprawdzajace-kontrole-postepowania-podatkowe-i-sadowo-administracyjne-zabezpieczenia-i-egzekucje/
Autor

Agata Kotwica-Stefańska
Adwokat, specjalizacja – postępowanie cywilne, administracyjne i karne
Zajmuje się bieżącą obsługą przedsiębiorców, sporządza opinie prawne oraz reprezentuje klientów w trakcie postępowań przed sądami powszechnymi i sądami administracyjnymi. LinkedIn

Agata Kotwica-Stefańska
Adwokat, specjalizacja – postępowanie cywilne, administracyjne i karne
Zajmuje się bieżącą obsługą przedsiębiorców, sporządza opinie prawne oraz reprezentuje klientów w trakcie postępowań przed sądami powszechnymi i sądami administracyjnymi. LinkedIn
Redaktor prowadzący

Adrian Szydlik
Radca prawny, entuzjasta rozwiązań edukacyjnych w prawie i podatkach
Właściciel Kancelarii AS Legal&Tax, platformy z kursami online dla studentów prawa ,,Prawo dla Ciebie” oraz współwłaściciel centrum szkoleń ,,S&G Akademia”. Z Instytutem Księgowości i Doradztwa Podatkowego współpracuje od 2023 roku, odpowiada za dobór tematyczny publikowanych treści, aktywnie wspiera proces ich powstawania i publikowania. LinkedIn

Adrian Szydlik
Radca prawny, entuzjasta rozwiązań edukacyjnych w prawie i podatkach
Właściciel Kancelarii AS Legal&Tax, platformy z kursami online dla studentów prawa ,,Prawo dla Ciebie” oraz współwłaściciel centrum szkoleń ,,S&G Akademia”. Z Instytutem Księgowości i Doradztwa Podatkowego współpracuje od 2023 roku, odpowiada za dobór tematyczny publikowanych treści, aktywnie wspiera proces ich powstawania i publikowania. LinkedIn
Redaktor naczelny

prof. Adam Mariański
Przewodniczący Rady Programowej Instytutu Księgowości i Doradztwa Podatkowego
Lider i założyciel Mariański Group oraz Instytutu Księgowości i Doradztwa Podatkowego. Doświadczony doradca polskich firm rodzinnych, w tym także w procesie sukcesji biznesu, współtwórca ostatecznej wersji ustawy o fundacjach rodzinnych. Najlepszy w Polsce doradca podatkowy w dziedzinie podatku dochodowego według 13. ,14. oraz 17. edycji rankingu „Rzeczpospolitej”. Specjalizuje się w sukcesji podatkowej, fundacji rodzinnej, podatkach dochodowych, kontrolach i postępowaniu podatkowym oraz w ochronie praw jednostki w prawie podatkowym i planowaniu podatkowym. LinkedIn

prof. Adam Mariański
Przewodniczący Rady Programowej Instytutu Księgowości i Doradztwa Podatkowego
Lider i założyciel Mariański Group oraz Instytutu Księgowości i Doradztwa Podatkowego. Doświadczony doradca polskich firm rodzinnych, w tym także w procesie sukcesji biznesu, współtwórca ostatecznej wersji ustawy o fundacjach rodzinnych. Najlepszy w Polsce doradca podatkowy w dziedzinie podatku dochodowego według 13. ,14. oraz 17. edycji rankingu „Rzeczpospolitej”. Specjalizuje się w sukcesji podatkowej, fundacji rodzinnej, podatkach dochodowych, kontrolach i postępowaniu podatkowym oraz w ochronie praw jednostki w prawie podatkowym i planowaniu podatkowym. LinkedIn
